Muş il alanı Fırat Havzası içindedir. İl topraklarını sulayan önemli akarsular Murat ile onun kolu olan Karasu’dur.

1- Murat Irmağı
Van Gölünün kuzeyindeki Aladağ’dan doğar. Uzunluğu 600 km kadardır. Muş il sınırlarına kuzey doğudan girer. Kuzey-güney doğrultusunda bir süre akan ırmak bu sırada birkaç küçük dereyle ve doğuda da Karakaya Deresiyle birleşir. Debisi 200-300 m3’tür. Debi ırmağın kabardığı zamanlarda 2500 m3 bulur. Suyun azaldığı zamanlarda ise 50-70 m3 kadar düşer. Murat ırmağını besleyen diğer akarsular şunlardır: Badişah, Şehit, Heftreng, Körsuyu, Liz, Köşker dere ve çaylarıdır.

2- Karasu

Göroymak’dan doğar. Muş il sınır-larına güneyde girer. Uzunluğu 68 km kadardır. Kuzeybatı-güneydoğu doğrul-tusunda akar. Başlıca kolları Daralıovadan kaynağını alan 27 km uzunluğundaki Ab-dulbahar, Kazana Tepesinden doğan 35 km uzunluğundaki Kelereş ile Çar ve Karni’dir. Muş il sınırları içindeki diğer önemli akarsular şunlardır: Aynı adlı dağdan doğan Çiçekveren Deresi (13 km), Aktuzladan doğan Heronek suyu (24 km), Bilican dağından kaynağını alan Liz Suyu (32 km), Kımsoradan doğan Çılbuhur deresi (27 km) ve Hamurpet Dağından kaynağını alan Memanlı suyudur ( 24 km).